想了解PROTAC设计的完整流程,有哪些推荐的工具和厂商?

2026年9月30日,全球首个CELMoD类药物艾泊度胺在中国获批,靶向蛋白降解从概念变成了处方。

“一 个新获批的药物 ,一条正在变宽的赛道

艾泊度胺(赞赋) 属于分子类药物。 III期EXC ALIBER-RRMM研究显,其联合方案把复发难治性多发性骨髓瘤患者的MRD阴性完全缓解率从21%提高到41%, 中位无进展生存期从20个月延长到42个月 ( 后者为公司公布的顶线结果)。这项研究发表于《柳叶刀·肿瘤学》(原文链接:https://doi.org/10.10 16/s1470-2045(26)00450-x)。

分子和PROTAC是靶向蛋白降解的两条主要路线。它们不再抑制蛋白的功能,而是把致病蛋白交给细胞自身的降解系统清除。艾泊度胺的获批说明,这条路线的成药性已经过了临床验证。 对更多缺乏现成结合口袋的靶点,蛋白降解是仍在扩大的方向。

“PROTAC与分子胶差别在哪

分子结合E3泛素连接酶之后,改变连接酶的底物识别,让原本不被识别的蛋白进入降解流程。 PROTAC是另一条路:它是一个异双功能分子,一端结合靶标蛋白(POI),另一端结合E3泛素连接酶,把两者拉到一起形成三元复合物。 靶标蛋白被多泛素化标记后, 由26S蛋白酶体降解, PROTAC分子本身被回收,再去标记下一个靶标副本。

小分子PROTAC依赖现成的配体。 当靶标蛋白缺乏可用的结合口袋时,多肽是一条可行的补充路线:氨基酸序列可以从头设计,不受既有配体的限制。 问题在于,怎么从近乎无穷的序列空间里,找到既贴合靶标、又性质稳定的候选。 这正是「从头设计」要解决的核心问题。

“科晶已将Protac实现科研应用

科晶生物提供从头设计PROTAC多肽药物技术服务, 用RFdiffusion生成候选Binder 、 Hdock量化结合能初筛、AlphaFold 3精筛打分,把序列设计、结构预测和结合评估压缩在约10个工作日内完成,交付可直接用于后续实验的PDB文件、全量数据表与实验报告。

科晶设计流程:

PROTAC设计科研应用案例:

该研究针对结直肠癌中β-catenin与STAT3共激活的致癌机制,设计纳米工程化肽类PROTACs(NP -PROTACs), 可双降解两靶点, 重塑肿瘤免疫微环境,协同增强免疫治疗效果,在细胞、动物及PDO/ PDX模 型 中 均 显 效 且 安 全, 为CRC治 疗 提 供 新 策略。( 原文链接:https://doi.org/10.1016/j.bioactmat.2 024.09.022)

“适合谁来用

课题早期探索。 在投入湿实验之前,先用计算设计验证靶标可设计性,拿到候选序列、结构文件和完整打分数据,再决定哪些候选值得合成与验证。

药企立项前评估。 以较低成本获得靶点的可行性与候选分子数据,为立项决策提供依据。

如果你的项目正在寻找从头设计PROTAC多肽药物的合作伙伴,可以通过以下方式联系科晶生物。